Czekolada

Ku oburzeniu niektórych*, a śmiechowi innych został niedawno na ramach The New England Journal of Medicine opublikowany nijak nie naukowy artykuł. Pokrótce go opiszę, ponieważ należę do drugiej grupy i odbieram tą publikację jako żart, a poza tym przyznam się otwarcie, że czekolada jest moją ogromną słabością.

Praca 'Chocolate consumption, cognitive function, and Nobel Laureates' (co przekłada się mniej więcej: 'Jedzenie czekolady, funkcje myślowe i Laureaci Nagrody Nobla') autorstwa F. Messerliego jak nazwa sugeruje traktuje o powiązaniu jedzenia czekolady i zostawania laureatem nagrody Nobla. Autor połączył dwie statystyki: tą ile kilogramów rocznie zjada typowy obywatel danego kraju z ilością laureatów nagrody Nobla na 10 milionów mieszkańców. Wyszła z tego zabawna korelacja. Najlepszy wynik w tej statystyce uzyskała Szwajcaria, której mieszkańcy zjadają aż po 12 kg czekolady rocznie, ale mają również stosunkowo najwięcej nagród (33 na 10 mln obywateli). Według danych autora, typowy Polak zjada zaledwie 3,5 kg czekolady na rok, w związku z tym w jego ojczyźnie pojawia się stosunkowo mniej Noblistów (na każde 10 mln ludzi jest ich mniej więcej 4).

Jedynym krajem, który znacznie odbiega od tej tendencji jest Szwecja, gdzie osoba konsumuje zaledwie 6 kg czekolady rocznie, a w kraju pojawiło się aż 32 noblistów na każde 10 milionów obywateli.
Jak spekuluje autor może to wynikać z faktu, że Szwedzka komisja jest tendencyjna, lub też obywatele Szwedzcy są bardziej podatni na pozytywne skutki czekolady.

Czy wydrukowanie takiego artykułu w poważnym czasopiśmie powinno oburzać? Myślę, że nie pod warunkiem, że jest to wyjątek a nie norma. Należy bowiem zwrócić uwagę nie na samą treść, gdzie autor otwarcie zachęca do jedzenia czekolady, ale na to, jak łatwo jest dojść do bardzo pochopnych wniosków.


* We Francji, żeby skończyć doktorat należy mieć opublikowany przynajmniej jeden artykuł pierwszego autorstwa w jednym z międzynarodowych magazynów (w niektórych przypadkach uznawane jest jeśli praca została jedynie wysłana do recenzji). W związku z tym, gdy na łamach poważnego pisma pojawiają się nienaukowe publikacje, co niektórzy czują się oburzeni.

Paryż w październiku

Są tacy, którzy lubią Paryż za jego urocze uliczki, za historię, za jedzenie, za sztukę... Są i tacy, którzy uciekają od niego gdy tylko mogą, od jego zgiełku, zanieczyszczeń i chaosu...

Przyjechaliśmy tutaj w październiku zeszłego roku i opowiadaliśmy się gdzieś pomiędzy: męczył nas huk dużego miasta i jego smród, ale drzewa przybrały w tym czasie różnokolorowe liście, słońce rozświetlało swoimi ciepłymi promieniami ciemne zakątki. Było ciepło i pięknie. Wybieraliśmy się wtedy na spacery po samym Paryżu, jeździliśmy w jego okolice i cieszyliśmy się, że w końcu mieszkamy w tak słonecznym miejscu.

Powoli jednak piękną jesień zaczęła wypychać bura zima. Zrobiło się szaro i nieprzyjemnie. Nasze wyprawy na zwiedzanie stały się rzadsze i coraz chętniej zostawaliśmy w domu - skupiając się na pracy i na przygotowaniach do ślubu. Z nadzieją oczekiwaliśmy wiosny.

Dni najpierw robiły się coraz krótsze, a potem jak na sprężynce znowu zaczęły się wydłużać. Śnieg nie pojawił się nigdy, ale bywało dosyć zimno. Zbliżały się Święta Wielkanocne - które dla mnie zawsze oznaczają pierwsze nieśmiałe promienie słońca, pączki na drzewach i otuchę w sercu. Te Święta spędzaliśmy we Francji - czekałam na nie, czekałam na słońce, które, naiwnie wierzyłam, pojawi się właśnie wtedy. Rodzina w Polsce opowiadała nam o pierwszych ciepłych dniach, ale nad nami przepływały ciemne, grube chmury, padał deszcz.

Mijały dni, tygodnie, a potem miesiące, marzec, maj, w końcu czerwiec - słońce czasem nieśmiało się wychylało, żeby zaraz schować się pod grubą pierzyną chmur. Moja tęsknota za nim stawała się nie do zniesienia. Czułam, że go potrzebuję! Bardzo.

Od tego czasu zaczęłam głęboko wierzyć, że w Paryżu najpiękniejszym miesiącem jest październik. Nie omieszkałam też tego rozgłaszać wszem i wobec.

Nasze baterie słoneczne naładowaliśmy porządnie na naszym miesiącu miodowym, więc brak słońca przestał nam tak doskwierać. Poza tym wpadliśmy w wir pracy i trochę zapomnieliśmy o pogodzie...

Tymczasem nasz fotograf ślubny zaplanował przyjazd do Paryża na jego pierwszą w tym mieście sesję z jakąś parką, która zdecydowała się ją tutaj zrobić. Wybrali właśnie październik. Byli tutaj prawie tydzień: dzień w dzień robiąc zdjęcia przy najbardziej znanych atrakcjach turystycznych.

Dla panny młodej to był chyba pierwszy prawdziwy test małżeński - czy przetrwa!? Deszcz lał się z nieba strumieniami, wiał zimny i nieprzyjemny wiatr, a ona, biedna z szerokim uśmiechem musiała udawać najbardziej szczęśliwą kobietę pod słońcem! Przestawiana, układana... pokazując to jeden profil, to durgi... Dobrze, że te ciężkie chwile mogła przynajmniej spędzić w ramionach mężczyzny jej życia. Choć jej piękna, biała suknia ubrudzana w kałużach brudu przeciągana z jednego końca miasta na drugi, wyjeżdżona paryskim metrem zapewne zakończyła na tym dni swojej świetności... Ale przetrwali!

Spotkaliśmy ich w połowie tamtego tygodnia - narzekali na wszystko, ale zapewne teraz z radością - niczym trofea - przeglądają zdjęcia.

Ten październik obalił moją opinię o pięknych paryskich październikach... aż tu nagle przez kilka ostatnich dni, niby na pożegnanie lata, zrobiło się bardzo ciepło, słońce grzało, a złote liście zaczęły raźnie spadać z drzew. I znowu Paryż pozwolił swoim mieszkańcom (tudzież tumanom turystów) nabrać otuchy przed zbliżającą się zimą.

Park Montsouris, Paryż

Artykuły

W  związku z cenami publikacji/czytania artykułów nie byłam wystarczająco wnikliwa. Poniżej przedstawiam wyniki mojej bardziej szczegółowej analizy (w dziedzinie, która mnie interesuje czyli w neurobiologii)

Większość naukowców jest stawianych pod presją publikacji swoich wyników i to w magazynach o jak największym, tzw impact factor - czyli oceną gazety na podstawie cytacji do artykułów w niej umieszczanych (http://pl.wikipedia.org/wiki/Impact_factor). Im większy impact factor tym większy prestiż dla artykułu, ale również łatwość w dostaniu kolejnych grantów lub znalezienia kolejnej pozycji dla autorów artykułu. Nie będę się tutaj zastanawiać nad tym czy impact factor jest dobrą formą oceny pracy naukowej czy nie, natomiast faktem jest, że w rzeczywistym świecie jest brany pod uwagę.

W mojej dziedzinie najważniejszy jest zawsze pierwszy i ostatni autor. Pierwszy autor to zazwyczaj ten, który 'odwalił' większość roboty, czyli student, który pracował nad tematem. Ostatni autor, to zazwyczaj szef labu. Pozostali autorzy są mniej ważni zwłaszcza, gdy tych autorów jest bardzo dużo (kolega, który jest informatykiem mówił mi kiedyś, że w jego dziedzinie autorzy są wymieniani alfabetycznie, więc nie ma 'ważności', natomiast w ekonomii, ponoć najważniejszy jest zawsze pierwszy autor, potem drugi itd - wiadomości zasłyszane, niesprawdzone).

Jeśli z projektu wychodzą ciekawe wyniki należy zastanowić się gdzie je najlepiej opublikować. Wyżej wspomniany impact factor gra często dużą rolę przy podejmowaniu decyzji. Oczywiste może się jednak wydawać, że w najlepiej ocenianych gazetach stara się publikować najwięcej naukowców - co oznacza, że nasza praca może być łatwiej odrzucona. Kolejnym pytaniem jest czy chcemy, żeby nasza praca była dostępna dla każdego ('open access').

Zazwyczaj  gazety o najwyższym impact factor nie są 'open access'. Tu możecie znaleźć przykładowe gazety, ich impact factor i ceny od artykułu (dane z roku 2010): http://redwood.berkeley.edu/i-stevenson/neuro_journals.html . Ale autor może dodatkowo zapłacić żeby jego artykuł był dostępny za darmo.

Ponadto koszty, które ponosi autor mogą się zmieniać w zależności gdzie publikuje swoją pracę i od tego jak wygląda jego praca. Często takim kosztem może być kolorowy rysunek, (np. w The Journal of Neuroscience należy zapłacić za niego US$1000) lub dodatkowe strony.

W niektórych gazetach jeśli dochodzi do publikacji artykułu należy dodatkowo zapłacić tzw. article processing charges (czyli cenę przetwarzania artykułu - nie udało mi się znaleźć gazety, która nie pobiera takich kosztów, niezależnie od tego czy jest 'open access' czy nie).
Najbardziej pełne porównanie tych kosztów znalazłam na stronie biomedcentral: http://www.biomedcentral.com/about/apccomparison/ (ceny wymienione są od wydawcy, a nie od gazety). Ponieważ na tej stronie mowa jest również o stronie pubmed.org wytłumaczę tylko, że jest to najczęściej używana strona do wyszukiwania artykułów z dziedziny biologii i medycyny.


Dowiedziałam się od mojego profesora, że pod presją NIH (National Institute of Health) coraz więcej artykułów jest ogólno-dostępnych. Na przykład często gazety po pół roku od publikacji udostępniają artykuł za darmo, ale też coraz więcej z nich staje się 'open access'.

(brak) artykuły(ów)

Ostatnio w nagłym przypływie tęsknoty za krajem znalazłam jakieś forum polskich doktorantów i przeraziłam się! Nie bardzo miałam czasu wchodzić w szczegóły, a może ludzie piszący na forum pisali tam jedynie gdy mieli problemy - nie wiem. Ale jeśli jednak prawdą jest obraz, który zarysował się w mojej głowie na temat polskich uczelni,po przeczytaniu tych kilku komentarzy, to jestem w szoku.

Chociażby to, że doktoranci nie mają dostępu do najbardziej podstawowych artykułów! Prawda - system arykułowy jest totalnie porąbany (przepraszam za określenie). Skoro większość naukowców jest finansowana z kieszeni zwykłego zjadacza chleba (czyt. z podatków), to dlaczego takiż zjadacz chleba nie miał by mieć wglądu w pracę naukowca? Tymczasem za publikacje, gazecie płaci uczelnia lub grant gdzie odkrycie zostało zrobione, a czytelnik musi dodatkowo płacić czy to za dostęp do artykułu czy też do gazety na prawdę wysokie ceny.

Jeśli do tego dodać fakt, że autorzy artykułów są następnie werbowani do sprawdzania jakości merytorycznej kolejnych pracy i oceny czy nadaje się do druku - należy tutaj podkreślić, że robią to oni za darmo i to, że coraz mniej gazet w rzeczywistości jest drukowanych, bo ludzie czytają je w internecie  - okazuje się, że posiadanie własnej gazety to złoty interes.

Faktem jest, że dla jakiegokolwiek naukowca, z jakiejkolwiek dziedziny brak dostępu do materiałów już opracowanych (artykułów i książek) jest niesamowicie bolesny i automatycznie jego wyniki nie mogą być tak dobre.

Mówiąc szumnie 'na zachodzie' czyli z mojego doświadczenia w Niemczech i we Francji dostęp do wirtualnie wszystkich gazet z dziedziny umożliwia instytut, w którym się pracuje. Nie miałam też jeszcze ani razu problemu aby przedyskutować z moim profesorem kupno książki, która mi jest potrzebna - pieniądze z jakiegoś grantu zawsze się znajdą (oczywiście jeśli książka na prawdę jest potrzebna).

Czy Polsce rzeczywiście brakuje pieniędzy żeby zapewnić dostęp do artykułów swoim naukowcom, czy też moja wiedza na ten temat jest mylna - chętnie sama się dowiem. 

3D printer

Wczoraj z pracy wyszłam o 1:30 w nocy. I to wcale nie było dobre. Jakiś wynik mi zaczął wychodzić, jakieś drobne klastry, ale byłam już tak padnięta, że wszystko wysłałam w potężnym chaosie przyrzekając sobie, że już wiecej tak długo nie zostanę (oczywiście do kolejnego razu..).

Po kilku tygodniach tak napiętej pracy, nawet jeśli się bardzo próbuje nie da się przez jedną noc odpocząć. Nie odpoczęłam więc. Obudziłam się z bólem oczu i serca. Ale dzisiaj przynajmniej postanowiłam wszystko robić wolniej. Poczytać, posprzątać, przynajmniej przez jeden dzień nie ruszać analizy...

Do moich eksperymentów potrzebuję bardzo skąplikowanych do stworzenia elektrod - ja ich jeszcze dobrze nie umiem robić, a mojemu poprzednikowi zajmuje to sporo czasu. Kilka miesięcy temu, gdy sfrustrowana siedziałam nad budową jednej z nich, rzuciłam mojemu szefowi pomysł, że gdyby tak mieć drukarke 3D, to było by to o wiele łatwiejsze. W życiu nie myślałabym o czymś takim poważnie, ale ku mojemu zdziwieniu mojemu szefowi ten pomysł przypadł do gustu. Co więcej, od tego czasu, przypadkiem natykaliśmy się na artykuły albo innych ludzi, którzy mówili o tym samym. Tu jest przykład:

http://www.nature.com/news/science-in-three-dimensions-the-print-revolution-1.10939

Najtańsze takie drukarki zaczynają się już od 2 000 dolarów, ale dla nas oczywiście krytyczne było by drukowanie metalu - a tak wyspecjalizowane drukarki są ponoć paskudnie drogie.

Ale gdyby chociaż móc zbudować narzędzie, które umożliwiło by budowę takich elektrod w sposób łatwiejszy. Myślę sobie i marzę sobie i wiem, że jeśli udało by mi się ostatecznie do takiego urządzenia dobrać, to połowę doktoratu bym się na nim bawiła. Ale marzenia się zdarzają. Mój szef stara się o ogromny grant z Uni Europejskiej - na jakieś 2.5 miliona euro. Szanse oczywiście są nikłe, bo o taki grant stara się bardzo dużo innych szefów w całej Europie, ale jeśli go dostanie - to powiedział, że może kupimy taką drukarkę.

Strach

Wczoraj nie pisałam, bo zdarzyło się kilka rzeczy, które wstrzymały moim doktoranckim sercem.

Trochę już pisałam kiedyś o wątpliwościach jakie miałam w związku z przyjściem do mojego aktualnego labu. Nie wchodząc w szczegóły ostatecznie zdecydowałam się na ten krok i jestem z niego (póki co) bardzo zadowolona. Różnego rodzaju labowe napięcia rzeczywiście istnieją, ale z całą pewnością nie są aż tak poważne jak się o tym mówiono. Ponadto mogę tu względną swobodę - mogę robić eksperymenty, analize jak i może kiedyś, w przyszłości modelowanie. Mogłam wybrać system operacyjny i język programowania, w którym chcę się posługiwać. Mogłam też wybrać projekt z 10 różnych zaproponowanych mi projektów.

Ten projekt, który wybrałam jest w pewnym sensie zbliżony do tego co robiłam już wcześniej - i już chociażby z tego względu zdecydowałam się na niego. Miał on jednak jeszcze jeden atrakcyjny aspekt: mój poprzednik, doktorant, który się obronił i przeprowadził chyba w styczniu 2012 zostawił niemalże dokończony artykuł. Bardzo dobry, bardzo ważny i dla mnie - bardzo ciekawy. Dostałam możliwość dołączenia się do tego artykułu (oczywiście jako najmniej ważny autor) jeśli uda mi się zrobić dodatkowe analizy (o ważności autorów w artykule w mojej dziedzinie jeszcze kiedyś napiszę).

Od 1.5 miesiąca pracuję nad tą analizą, ale w związku ze wszystkimi zaistniałymi problemami natury różnej (sprawy administracyjne, instalacje, uczenie się itd), nie udało mi się do tej chwili pokazać nic ciekawego. Mój poprzednik natomiast najwyraźniej się zniecierpliwił i wysłał maila, że sam już wszystko skończył. Oczywiście moje współautorstwo było dla mnie dobrą motywacją, ale nie jest celem mojego doktoratu. Natomiast muszę się teraz sprężyć i przedstawić jeszcze dzisiaj w jak najciekawszy sposób to co mi wyszło (czyli wg mnie - nic ciekawego).

Poza tym, wczoraj też, otrzymałam maila z informacją, że dopóki nie podpiszę mojego kontraktu absolutnie nie mam prawa pracować. Rzecz jasna cały czas pracuję! Po całonocnej pracy nad poprawianiem błędów w mojej analizie poszłam więc na 18 piętro wieżowca mojego uniwersytetu (całkiem tam mają ładny widok) i podpisałam go na kwote o wiele niższą niż mi to było przyrzeczone. Dziwne się może zdawać to, że na razie się tym nie przejmuję - to chyba zmęczenie. Ale mam jakąś naiwną wiarę w to, że wszystko się jakoś samo ułoży.

Takie jest właśnie, nerwowe czasem, życie studenta doktoranckiego.